Hinweis: Rayquaza kann im Felsenherzturm auf der Route 47 gefangen werden. Jedoch benötigt der Spieler damit es erscheint die grüne Kugel, welche er von Prof. Eich in Alabastia bekommt, nachdem er sowohl Kyogre als auch Groudon gefangen bzw. in seine Edition getauscht hat.
Weitere Möglichkeiten um dieses Pokémon zu erhalten sind:
Übertragung aus Rubin, Saphir, Smaragd, Feuerrot oder Blattgrün mit Hilfe des Parks der Freunde